¡Por seguridad!
Esa es la verdadera razón. (Y la única verdadera razón, en mi opinión - no es que difícil hacer un lector para sistemas de archivos importantes, aunque es de ninguna manera fácil, hacer un escritor es el verdadero reto.)
Un programa como este omite toda la infraestructura de seguridad del sistema (de archivos), por lo que solo un administrador (u otra persona que tenga privilegios de "Administrar volumen") puede ejecutarlo.
Obviamente, no funcionaría en muchos escenarios, y no creo que Microsoft (o cualquier otra gran empresa) alguna vez considere hacer un producto como este y luego alentar a los usuarios a que se ejecuten como administradores , debido a las ramificaciones de seguridad.
Se podría ser teóricamente posible hacer un sistema que ejecuta en segundo plano y filtra los datos protegidos, pero en la práctica sería una gran cantidad de trabajo para conseguir los agujeros de seguridad correctas y sin para la producción.
Por cierto, no he usado UltraSearch, ¡pero hace unos años escribí un programa muy similar que abrí de código abierto el mes pasado! Compruébalo si estás interesado. :)