Las aplicaciones pirateadas se infectan con frecuencia, una buena razón para evitarlas (aparte de las razones legales).
Las herramientas de piratería también son sospechosas, ya que alguien que está pirateando a menudo (pero no siempre) participa en actividades que son cuestionables en el mejor de los casos. Un aspirante a criminal es un buen objetivo para un que ya es criminal.
Dicho esto, comparto tu frustración cuando utilizas herramientas legítimas para fines legítimos y las marcas como malware. Por ejemplo, el sitio muy respetado, www.nirsoft.net tiene una herramienta, Produkey, para mostrar las claves de producto para el software instalado en la computadora. Si bien se puede usar para robar una clave de producto, no hace nada malo para la computadora y ciertamente tiene usos legítimos, como cuando necesita reinstalar el software, pero no tiene a mano la etiqueta de la clave del producto (o está desgastada abajo o tu cuaderno). Mi antivirus lo marcó hasta que lo agregué a la lista de exclusión. Me sentí seguro haciendo eso debido a la reputación de Nirsoft.
En pocas palabras: es mejor mantenerse alejado del software utilizado para actividades sospechosas y software y keygen craqueados y pirateados. A menudo están infectados con virus o spyware y su antivirus es adecuado para llamar su atención. (Sin mencionar la atención que puede atraer de las personas encargadas de hacer cumplir la ley).
Si tiene un software legítimo de una fuente confiable y está seguro de que no ha sido infectado en el camino, puede decirle a su antivirus que lo ignore.