Para comenzar, existen diferencias estéticas: Minimizar tiene un pequeño efecto gráfico y pone un icono reducido de la ventana en su Dock (en el lado derecho, no con las aplicaciones, aunque esto se puede cambiar). Ocultar hace que todas las ventanas de la aplicación simplemente desaparezcan de la vista sin ningún cambio en el Dock.
Pero la gran diferencia radica en cómo hacer que las ventanas vuelvan a aparecer.
Las ventanas minimizadas requieren un clic del mouse en el Dock para convocarlas.
Oculto aplicaciones volverán a aparecer si Comando-Tab a la aplicación, por lo que puede recuperar las ventanas utilizando solo el teclado.
(También puede hacer clic en el Dock para recuperar una aplicación oculta).
Debido a que uso Command-Tab en gran medida e intento evitar el mouse, uso "Ocultar" bastante pero nunca uso "Mimimize" ya que requiere la interacción del mouse para recuperar la ventana.
Como otros han señalado, puede configurar las preferencias de Dock para "minimizar en el icono de la aplicación". Esto no cambia la ecuación del teclado / mouse; todo lo que hace es evitar que una ventana "minimizada" obtenga su propio ícono en el Dock; en su lugar, debe hacer clic en el ícono de la aplicación en el dock para minimizar la ventana.