Suponiendo que los clips MP4 tienen todas las mismas configuraciones (tamaño de cuadro, velocidad de bits, etc.) y usan video h264 y audio AAC, esto se puede hacer en la línea de comandos con ffmpeg.
La forma fácil, pero menos eficiente de hacerlo:
ffmpeg -i input0.mp4 -c copy -bsf h264_mp4toannexb temp0.ts
ffmpeg -i input1.mp4 -c copy -bsf h264_mp4toannexb temp1.ts
ffmpeg -i "concat:temp0.ts|temp1.ts" -c copy -absf aac_adtstoasc output.mp4
La forma un poco más complicada, que no requiere la creación de archivos intermedios:
mkfifo temp1 temp2
ffmpeg -i input1.mp4 -c copy -bsf h264_mp4toannexb -f mpegts temp1 2> /dev/null & \
ffmpeg -i input2.mp4 -c copy -bsf h264_mp4toannexb -f mpegts temp2 2> /dev/null & \
ffmpeg -f mpegts -i "concat:temp1|temp2" -c copy -absf aac_asdstoacs output.mp4
Cualquiera de estos será completamente sin pérdidas.
Me he dado cuenta de que ha resuelto su problema específico de FCP utilizando la configuración correcta, según ese comentario ...