Estaba enfrentando el mismo problema. Un archivo que contiene el impar, un archivo que contiene las páginas pares de un libro escaneado. Simplemente utilicé la capacidad incorporada de cambio de nombre de lote de Windows 7/8 / 8.1.
1) Divida las páginas de cada pdf en archivos separados para cada página, de modo que una carpeta contenga todas las páginas impares como archivos separados y una carpeta diferente contenga todas las páginas pares.
2) Bulk / Batch / Mass cambie el nombre de los archivos de ambas carpetas de la misma manera. Simplemente seleccione todos los archivos en cada carpeta y cambie el nombre del primero como a y presione enter. Al hacerlo, los archivos en cada una de las dos carpetas se numerarán como a (1), a (2), a (3) ...
3) En la carpeta con las páginas impares, copie todos los archivos y péguelos directamente en la misma carpeta. Al hacerlo, crea copias de los archivos con las páginas impares que se verán como un (1) - Copiar
4) Mueva estos archivos copiados a la carpeta que contiene los archivos pares. Esto los clasifica frente a los archivos de página pares (siempre y cuando los archivos estén ordenados por sus nombres).
5) Combine los archivos nuevamente en un solo archivo simplemente siguiendo el nuevo esquema de nombres.
Para fusionar y dividir los archivos pdf, utilicé las herramientas pdfdf de Pdf que están disponibles de forma gratuita.
