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Estas respuestas te ayudarán:
Muestran cómo utilizar los sofisticados parámetros de la línea de comandos de Ghostscript para lograr lo que desea.
Si usar una biblioteca Java o .Net está bien para usted, puede usar iText / iTextSharp.
Un ejemplo para poner en mosaico un documento existente se puede encontrar en el libro iText in Action, 2da edición, en el capítulo 6 disponible gratuitamente : TilingHero.java / TilingHero.cs .
De lo contrario, PDF Scissors podría ser tu amigo.
Aquí está una de las posibilidades. Puede usar pdftk varias veces para obtener el resultado deseado.
1) Use pdftk para segregar su documento en archivos de una sola página.
pdftk largefile.pdf burst
2) Combine los archivos pequeños creados de este modo en el paso 1 según sus requisitos.
Sé que es un proceso torpe, pero debería funcionar para usted.
EDITAR: Echa un vistazo a este proyecto
http://sourceforge.net/projects/briss/
Puede resolver tu problema. (puede encontrar el hilo completo aquí: http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=1665621 )