La principal diferencia entre el Administrador y SYSTEM es que el Administrador es una cuenta real (por ejemplo, tiene una contraseña) mientras que SYSTEM no lo es. (Hablando correctamente, SYSTEM es un "principal de seguridad").
Una diferencia práctica es que, si la computadora está unida a un dominio, los procesos que se ejecutan como SYSTEM pueden acceder a los servidores de dominio en el contexto de la cuenta de dominio de la computadora. Los procesos que se ejecutan como Administrador no tienen acceso a las computadoras de dominio a menos que la contraseña coincida o se proporcionen explícitamente credenciales alternativas.
Es posible que un archivo, directorio, clave de registro u otro objeto asegurable solo otorgue acceso al SISTEMA y no al Administrador. Sin embargo, no conozco ningún ejemplo sobre una instalación predeterminada de Windows. Editar: olvidé la clave SAM, que contiene la información de la cuenta local. Esto tiene el control total otorgado solo a SYSTEM, con el grupo de Administradores sin acceso de lectura ni escritura. Kreemoweet también ha señalado que Vista tiene otros ejemplos.
Por supuesto, el administrador puede anular cualquier permiso de todos modos.
Hay uno o dos casos especiales de bicho raro. Por ejemplo, la función WTSQueryUserToken permite que un programa obtenga un token de acceso que se puede utilizar para iniciar un nuevo proceso en el contexto de un usuario conectado específico. Esta función solo puede ser utilizada por procesos que se ejecutan como SYSTEM, no por procesos que se ejecutan como Administrator.