El temporizador de inactividad es la inactividad del usuario, no la inactividad del sistema. Si se basara en el sistema, nunca dormiría, ya que los servicios se activan para ejecutar sus trabajos, las tareas programadas pueden ejecutarse, su antivirus puede realizar un análisis en segundo plano. Notarás que Windows casi nunca está inactivo durante más de unos segundos (lo cual no es un problema).
Hay varias formas de hacer que su sistema permanezca despierto, la más fácil de ellas es crear un nuevo perfil de energía que se extienda (digamos 4 horas) o apague completamente el temporizador de apagado mientras está codificando.
Otra forma barata y fácil es cargar un archivo de video o audio en Windows Media Player y pausarlo. Esto hará que WMP le diga al sistema que no se suspenda porque está "reproduciendo" un archivo multimedia.
La mayoría de los codificadores que he visto (bueno, los programas de envoltura de todos modos) le permiten decirle que realice una acción cuando se complete o que evite dormir mientras se está ejecutando. Desafortunadamente, no hay realmente nada que pueda hacer al copiar archivos, aparte del consejo anterior.