Usualmente uso Terminator en Linux, y una de sus características que me gusta es la capacidad de ajustar el tamaño de las pantallas divididas arbitrariamente.
Por ejemplo: http://oracleview.files.wordpress.com/2011/04/terminator-mad1.png
¿ConEmu tiene esa característica? Simplemente dividí la pantalla en 2 pantallas horizontales, pero no pude ajustar el tamaño. Parecen estar arreglados.