¿Su objetivo es descomprimirlo en el servidor externo o desea extraer el contenido del archivo en su propia computadora ?
El primer caso no se resuelve mediante FTP, sino mediante SSH o técnicas similares como se describe en otras respuestas.
Si solo desea obtener el contenido descomprimido "directamente" en su propia computadora sin transferir primero explícitamente los archivos y luego descomprimirlos, puede, por ejemplo, montar el sitio FTP como una carpeta y descomprimirlo como un archivo zip normal en una ubicación en su local computadora. Esta voluntad en la práctica corriente el contenido del archivo directamente en el programa de descompresión, por lo que técnicamente no transferir el archivo completo, pero sólo en su estado comprimido (presumiblemente ahorro de tráfico) y el contenido aparecerá directamente en el ordenador local, sin el paso intermedio explícita.
No sé cómo se especifica el formato del archivo zip con respecto a simplemente descomprimir una parte de un archivo zip; sin embargo, si necesita transferir todo el archivo o solo la parte comprimida correspondiente a ese archivo. No veo ninguna razón técnica real de por qué no sería posible realizar este tipo de transferencia selectiva (el protocolo FTP solo permite transferir archivos parciales para permitir la reanudación).