Lo que está viendo es un mensaje general que proporciona Windows cada vez que intenta abrir cualquier archivo descargado. Lo que sucede es que cuando descargas un archivo, está etiquetado con una bandera que indica que proviene de Internet y, por lo tanto, es potencialmente peligroso. Cuando intenta ejecutar dicho archivo, Windows verifica si tiene una firma válida para determinar si se puede confiar en él.
Lo que puede hacer es quitar la bandera del archivo usando el botón Desbloquear en las propiedades del archivo, después de lo cual, Windows lo dejará solo cada vez que intente ejecutarlo:
El problema es que los archivos por lotes son archivos de texto que se pueden ejecutar. Si bien es posible firmar un archivo de texto, terminará agregando un montón de datos binarios al archivo que para un archivo por lotes es malo porque es un galimatías y causará problemas cuando el intérprete de comandos intente ejecutarlo. Comentar la firma tampoco funcionará porque la firma se corrompe.
Por lo tanto, firmar un archivo por lotes no va a funcionar.
Lo que debe hacer es descubrir por qué el sistema le está solicitando cuando intenta ejecutarlo. De manera predeterminada, Windows no pregunta antes de ejecutar archivos por lotes, por lo que debe tener una política especial o un programa de seguridad que lo bloquee. Verifique su (s) programa (s) de seguridad para ver si hay una configuración de verificación para la que puede deshabilitar o agregar una exclusión.
También verifique el contenido del archivo por lotes para ver si está ejecutando un ejecutable que no está firmado (aunque nuevamente, de manera predeterminada, Windows no solicita ejecutables a menos que se haya descargado o requiera privilegios elevados, así que verifique su configuración).