Lo siento si se le ha preguntado. Ya he encontrado varias soluciones que no funcionan. No estoy seguro de lo que estoy haciendo mal.
No quiero desactivar todos los javascript, solo los cuadros de alerta de Javascript. Los que aparecen y te obligan a hacer clic en Aceptar o X para cerrarlos.
He encontrado scripts de usuario que dicen hacer esto (ejemplo: http://userscripts.org/scripts/show/58252 ). Puse Chrome en el canal de desarrollo, inicie Chrome con el interruptor --enable-user-scripts, el script aparece como instalado.
Pero todavía recibo los cuadros de alerta.
Un cuadro de alerta de ejemplo que no se deshabilita está en http://wordswithfriends.net/ - ponga cualquier palabra basura en el validador de palabras en la barra lateral derecha. Aparece una ventana emergente que le dice que no es una palabra.