Tuve el mismo problema después de actualizar a Mountain Lion. Llamé a Apple y después de tener que pasar por el restablecimiento PRAM habitual, me encontré con alguien que tenía algunas sugerencias útiles. El problema parece estar solucionado ahora, no parece que el problema vuelva a ocurrir.
La solución fue eliminar las listas para el Dock, Finder y Desktop. Sospecho que el Dock Plist fue el más importante, ya que definitivamente es un problema relacionado con Dock. Presumiblemente en el proceso de actualización, el plist se ha dañado de alguna manera.
Las listas en cuestión se pueden encontrar en ~ / Biblioteca / Preferencias. Una forma rápida de llegar a la carpeta Biblioteca en Finder es mantener presionada la tecla Opción y luego seleccionar Ir en el menú Finder: la biblioteca estará en la lista.
Dentro de la Biblioteca, abra Preferencias y busque com.apple.dock.plist: envíe esto a la papelera o arrástrelo al escritorio. Los otros dos que el tipo de Apple me hizo eliminar fueron com.apple.desktop.plist y com.apple.finder.plist.
Ahora cierre sesión y vuelva a iniciarla (o haga killall Dock desde una terminal): el Dock recreará el plist. La disposición del Dock ahora volverá a la predeterminada: deberá volver a agregar las aplicaciones que tenía allí.