Es posible, si. Aunque como usted dice, no es lo ideal. Sin el principal explorer.exe ejecutándose, no tendrá un administrador de escritorio / ventana a menos que inicie o esté ejecutando otro .
Sin embargo, para Windows XP, los pasos para deshabilitar el explorador en el inicio deberían ser:
Vaya a Inicio -> Ejecutar -> Escriba regedity presione Intro.
Navegue a la siguiente estructura de árbol: HKEY_LOCAL_MACHINE -> Software -> Microsoft -> Windows NT -> CurrentVersion -> Winlogon
Cambie el valor de la Shellclave a blanco, u otro programa para iniciar en lugar de explorer.exe