Si quieres usar Filezilla, entonces necesitas comprimirlo. Lo más probable es que su servidor admita al menos zip / descomprimir archivos zip. Es posible que no admita archivos rar. Probablemente también sea compatible con tar, por lo que podría crear un tar.gz. Realmente depende de los tipos que su servidor ya conozca (ya que no tiene acceso de root para instalar nada diferente).
Tengo un antiguo script Quick Unzipper en GitHub, puede descomprimir el archivo en el servidor. Simplemente coloque el descomprimidor en el mismo directorio que el archivo zip, vaya al archivo en la página web y haga clic en descomprimir. Incluso ese proceso parece mejor que transferir todos los archivos. Tenga en cuenta que mi script usa PHP para descomprimir con la clase ZipArchive. Funciona en la mayoría de los hosts. Si desea utilizar otro tipo como bzip o gzip, puede crear su propia versión de mi script de descompresión para admitir ese tipo.
Incluso si comprimió el archivo, su tamaño total no será mucho más pequeño. Para obtener el tamaño más pequeño posible, zip no sería lo que quieres. Si necesita esto para acelerar el tiempo de transferencia, incluso un archivo zip apenas comprimido se transferiría más rápido que los archivos individuales a través de ftp.
Cuando transfiere miles de archivos con FTP, tiene que manejar cada archivo 1 por 1 (aunque usted dice 5 archivos a la vez, todavía se procesa por archivo). Tiene que hacer el directorio, cambiar a él, todos los comandos que llevan tiempo. Cuando transfiere solo 1 archivo grande, no tiene toda la sobrecarga adicional que normalmente tiene FTP.