¿Es seguro eliminar los archivos posteriores a la instalación de Windows?

Tengo Windows XP instalado en la primera partición y la segunda partición está vacía. También tengo un disco duro externo conectado. Instalé Windows Vista en la segunda partición y ahora mi disco duro externo tiene algunos archivos extraños a los que no tengo permiso de acceso. ¿Qué son esos archivos y es seguro eliminarlos?

Sí, es seguro eliminarlos. En ocasiones, debe tomar posesión (y luego cambiar los permisos) antes de intentar eliminarlos.

Tomar posesión se explica aquí: http://www.vistax64.com/tutorials/67717-take-ownership-file.html