Tengo bastante experiencia cambiando entre arrancar una partición de Windows de forma nativa y ejecutarla como una VM. En primer lugar, el soporte de hardware y controladores NO fue un problema para mí, ni fue necesario desinstalar VMware Tools al arrancar en un contexto físico.
Aparte de eso, parece una gran idea, pero la activación del producto es donde realmente se cae. Se supone que uno no tiene que reactivar Windows cada vez que Windows cambia entre P y V, pero no es infalible. Windows y Office solicitarán ocasionalmente ser reactivados debido a supuestos cambios de hardware. Una vez, después de cambiar entre los modos físicos y virtuales, mi instalación con licencia adecuada de Windows 7 se desactivó con un poco de fanfarria debido a una supuesta "explotación de activación". Estos problemas se evitarían, o al menos se volverían triviales, si ocurrieran en un entorno KMS .
Cuando actualicé a una SSD de 300GB, traje mi partición de Windows como VMDK y nunca más la reinicié de forma nativa. Windows 7 parece funcionar mejor virtualizado en un SSD que de forma nativa en un HDD, y la imagen escasa que uso ahora consume menos espacio en disco que la partición anterior.
Resumen ejecutivo: Sí, se puede hacer; los controladores son menos problemáticos de lo que espera y la activación de Windows es más problemática de lo que espera. Si realmente no necesita ejecutar Windows en metal desnudo, le sugiero convertir su partición a un VHD o VMDK y ejecutarla solo como una VM.