Respuestas:
Tuve este problema en Ubuntu y solo para ahorrarle a otra persona no observadora el tiempo que pasé buscando, pensé que también agregaría una respuesta aquí.
Si entra en las preferencias, puede ver que la opción para mostrar números de línea está atenuada, pero si pasa el cursor sobre ella, dice instalar python-gtksourceview2.
Entonces en ubuntu:
sudo apt-get install python-gtksourceview2
Y deberías estar listo para irte.
La respuesta anterior decía entrar en preferencias dentro de Meld. Sin embargo, no puedo ver ninguna entrada del menú de preferencias, lo cual es consistente con la siguiente publicación que encontré que propuso una solución dconf-editor
para activar / desactivar los números de línea.
Pasos:
dconf-editor
org.gnome.meld
Para mí, en Ubuntu 18.04, no necesitaba instalar ninguna dependencia adicional.