Respuestas:
Respuesta corta: sí, dos salidas DVI son mejores.
VGA es analógico. Dado que los CRT están casi extintos, VGA no tiene ningún propósito real en estos días. Hay algunas muy buenas razones para elegir VGA en lugar de DVI, pero ninguna de ellas es realmente pertinente para una computadora de escritorio doméstica. El uso de VGA significa que primero debe convertir la señal de video a analógica para su transmisión por cable. Luego, su monitor LCD (presumiblemente) tiene que convertirlo nuevamente a digital. Por lo general, esto se hace perfectamente, pero existe la posibilidad de que la interferencia cause degradación. Con lo digital, es básicamente un asunto de todo o nada. Si ve algo, la posibilidad de que no coincida perfectamente con lo que se pretendía es extremadamente baja. DVI es una señal puramente digital.
Si debe usar una señal analógica, la mayoría de las tarjetas gráficas le permitirán usar un adaptador DVI a VGA. Esto no es peor que un puerto de salida que sea solo VGA.
Habiendo dicho todo eso, ¿serás capaz de notar una diferencia? Probablemente no. ¿Pero por qué arriesgarse? Si hay dos tarjetas que usan el mismo chip, y una tiene doble DVI y la otra DVI y VGA, esta última probablemente sea una tarjeta de menor calidad. Es mejor pagar el dinero extra (si incluso cuesta más) por la tarjeta con doble DVI.
Recientemente compré una nueva computadora de escritorio con doble cabezal. Revisé muchas tarjetas VGA, y el empleado de la tienda insistió en que DVI + VGA estaría bien. En pocas palabras, me hizo probar dos docenas de tarjetas DVI + AGP antes de admitir que tenía razón: la imagen no es la misma en ambos enchufes.
Como estaba usando un convertidor DVI-> VGA, estaba usando exactamente el mismo cable y monitor en ambos enchufes, pero el que estaba en VGA estaba muy ligeramente distorsionado. Esto nunca habría sido un problema en una sola pantalla, ya que sus ojos simplemente se reenfocarían. Pero tener dos pantallas, una muy nítida y otra ligeramente distorsionada, finalmente me dio un fuerte dolor de cabeza.
Acabo de recibir una tarjeta DVI + DVI al final, y desde entonces estoy muy feliz.
YMMV, pero nunca más me molestaré con diferentes enchufes para cajas de doble cabezal. DVI + DVI es el camino a seguir.