Antigua pregunta, pero para otros que googlearon y obtuvieron aquí: la configuración oficial tiene argumentos de línea de comando que me permitieron preparar un script * .bat simple, simplemente coloque la siguiente línea en, por ejemplo, "install-pkg.bat" y coloque ese archivo en su directorio raíz (por ejemplo, C: \ cygwin):
setup-x86.exe --no-desktop --no-shortcuts --no-startmenu --quiet-mode --root "%cd%" --packages %*
Debe descargar y colocar http://www.cygwin.com/setup-x86.exe (32 bits) o http://www.cygwin.com/setup-x86_64.exe (64 bits) en el mismo directorio. Ahora todo lo que tiene que hacer para instalar el paquete es:
install-pkg packagename
Positivo: la configuración oficial, siempre debería funcionar, para cualquier paquete. Negativo: la configuración oficial actual (junio / 2015) requiere derechos de administrador, aunque en realidad no lo necesita (por ejemplo, directorio raíz fuera de las carpetas del sistema).