La diferencia entre Cat5e y Cat6 está en el aislamiento y la calidad del cable, por lo que si sigue la misma guía de cableado, siempre funcionará en su entorno. Los cables de categoría se pueden utilizar para muchas cosas diferentes, no solo para redes. Los elementos que definen son cómo está hecho y la calidad del aislamiento, no en los patrones de cableado que utiliza.
De hecho, te recomiendo que uses solo Cat6 en el futuro. La diferencia de precio es marginal, la calidad de la señal es mejor y si la usa con una red de gigabits, verá tasas de transferencia más constantes y más altas. Realizo un evento a gran escala para una fiesta LAN y SOLO utilizamos Cat6 ya que tenemos una red 100% gigabit. La diferencia de costo es ridícula, y debido a que reutilizamos el cableado, vale la pena.
EDITAR : el cable Cat5 en realidad puede usar más de 4 pares de cables trenzados, supongo que Cat6 es el mismo. Mi afirmación anterior de que el recuento de cables es estático es inexacto, sin embargo, la mayoría de los cables que puede comprar son solo 4 pares de cables trenzados.