Un ffmpeg reciente con el filtro de video 'fade' puede hacer esto. Desafortunadamente, el ffmpeg en los repositorios de Ubuntu no tiene filtros habilitados por alguna razón inaceptable, por lo que tendrá que obtenerlo de otro lugar (vea aquí ).
Para desvanecerse del negro, comenzando en el cuadro 0, más de 50 cuadros (2 segundos a 25 fps):
ffmpeg -i input.mp4 -filter:v 'fade=in:0:50' \
-c:v libx264 -crf 22 -preset veryfast -c:a copy output.mp4
Para desvanecerse comenzando en el cuadro 21000 (14 minutos a 25 fps), más de 50 cuadros:
ffmpeg -i input.mp4 -filter:v 'fade=out:21000:50' \
-c:v libx264 -crf 22 -preset veryfast -c:a copy output.mp4
Puedes combinar los dos en una cadena de filtros:
ffmpeg -i input.mp4 -filter:v 'fade=in:0:50,fade=out:21000:50' \
-c:v libx264 -crf 22 -preset veryfast -c:a copy output.mp4
Como puede ver en estos ejemplos, debe transcodificar el video cuando usa un filtro de video. Dado que ffmpeg y mencoder comparten muchas bibliotecas, debería ser bastante fácil reescribir sus scripts para usar ffmpeg en lugar de mencoder y evitar una codificación adicional innecesaria. Estoy bastante seguro de que puede lograr lo mismo en mencoder, pero no sé la sintaxis de mencoder.