Una forma sería: la mayoría de los archivadores y las herramientas de archivo tienen la capacidad de agregar o agregar elementos de archivo adicionales al archivo original. Cree su archivo con los elementos que desea en la parte superior, luego agregue elementos de archivos adicionales a ese archivo creado. Sé que esto funciona en las propias herramientas ZIP de Windows.
Parece que la respuesta real está más allá de mí, aquí para C # /programming/5898787/creating-an-epub-file-with-a-zip-library
aquí para HTML (usando 7z)
http://next.blurb.com/2011/02/17/how-to-make-an-ipad-photo-book/
específicamente esta parte
2. Abra la carpeta del libro de fotos de muestra y copie primero el archivo mimetype en el archivo (vacío).
3.Ahora, copie las otras carpetas (META-INF y OEBPS) en el archivo.
http://idpf.org/epub/30/spec/epub30-ocf.html#physical-container-zip
El contenido del archivo mimetype no debe contener ningún espacio inicial o espacio en blanco, no debe comenzar con la firma Unicode (o la marca de orden de bytes), y el caso de la cadena de tipo MIME debe ser exactamente como se presentó anteriormente. El archivo tipo MIME adicionalmente no debe estar comprimido ni cifrado, y no debe haber un campo adicional en su encabezado ZIP.