Sí, tanto GnuPG como el PGP.com comercial son implementaciones del mismo estándar OpenPGP ; de hecho, GnuPG fue diseñado específicamente para ser compatible con PGP.
Las únicas diferencias que puede encontrar son:
Diferentes algoritmos compatibles. Por ejemplo, GnuPG admite el algoritmo de cifrado Camellia, mientras que PGP.com no.
Sin embargo, esto casi nunca es un problema, ya que cada certificado PGP ("clave PGP") enumera todos los algoritmos que admite el software del propietario (o más precisamente aquellos que el propietario prefiere usar), por lo que el remitente de un mensaje siempre puede elegir un algoritmo compatible uno.
Varias peculiaridades y diferencias en las versiones realmente antiguas de PGP (especialmente las versiones originales de antes de que OpenPGP se estandarizara). Sin embargo, tanto GnuPG como PGP.com pueden leer fácilmente (si no siempre escribir) mensajes en los formatos antiguos.
tl; dr: Sí, son compatibles.