El usuario no eliminó el archivo, el sistema sí. El usuario simplemente eliminó el archivo de su propio directorio. El sistema eliminó el archivo porque su recuento de referencias cayó a cero. Es solo casualidad que el usuario que elimina el archivo del directorio bajó su recuento de referencia a cero. (Si el archivo se vinculó a otro directorio o se abrió un identificador en el archivo, no se habría eliminado).
El sistema elimina archivos automáticamente cuando su recuento de referencias cae a cero. El propietario del archivo no importa. Hay muchas formas en que alguien que no sea el propietario de un archivo puede reducir el recuento de referencias del archivo a cero.
Eliminar un archivo de un directorio (llamado 'desvinculación') es una operación en el directorio. Desvincular un archivo reduce su recuento de referencias.
Del mismo modo, un usuario que no sea el propietario podría cerrar el último identificador de un archivo que no está vinculado a ningún directorio. Cerrar ese identificador también eliminaría el archivo, ya que nuevamente el recuento de referencias se reduciría a cero.
sudo
u otra escalada de privilegios. Probablemente pasaste por alto algo.