Windows ocultará los archivos con la bandera oculta o del sistema . O los archivos pueden estar ocultos usando ACL. Windows no oculta archivos basados en nombre de archivo.
Para que Windows explícitamente oculte los archivos por nombre de archivo, deberá crear explícitamente la función. En este caso, funcionará un controlador del sistema de archivos (suele ser común que los virus tengan esta "característica") o un hack de extensión de shell.
En una nota al margen, puede falsificar la función desactivando "ver extensiones de archivo" en Opciones de carpeta, ya que, para Explorer, un archivo que comienza con un punto es un archivo con una extensión, pero sin nombre.