Respuestas:
rsync primero escanea los archivos y crea una lista. así que una vez que el archivo esté en la lista de sincronización, rsync sincronizará el último cambio de archivo. pero si el archivo no está en la lista de archivos a sincronizar, que se creó antes de comenzar la operación de sincronización, no se sincronizará.
¿Qué sucede si los archivos en el directorio de origen se modifican mientras se ejecuta rsync?
Eso depende de si se modifican antes de que se ejecute rsync también. Como @Sachin dijo que si no se modifican antes de la transferencia, las modificaciones durante la transferencia no se recogerán, sin embargo: