Para que quede claro, "Java" no es una cosa.
Java Runtime Environment (JRE) : la forma más común de Java, permite que las aplicaciones escritas en Java se ejecuten en su computadora. Este es el "complemento de Java" o la "máquina virtual de Java (JVM)"
Java (el lenguaje) : un lenguaje de programación orientado a objetos.
Java (el compilador) : convierte el código Java (lenguaje) en archivos de clase que JRE / JVM puede ejecutar.
Java (la biblioteca) : un conjunto de componentes para GUI multiplataforma y otros elementos de programación.
Supongo que está preguntando sobre reemplazar el JRE, el complemento de Java que usa la mayoría de la gente. Si quiere decir lo contrario, actualice su pregunta.
Microsoft solía tener una máquina virtual Java incluida en todos sus sistemas operativos, pero eso generalmente se ignora a favor de un complemento JRE de Oracle.
Hay algunos otros reemplazos JRE / JVM que puedes probar:
JOEQ (irónicamente escrito en Java) - http://sourceforge.net/projects/joeq/
Wonka - http://wonka.acunia.com/
Sable (ya no se mantiene activamente): http://sourceforge.net/projects/sablevm/files/
Cada uno de estos puede tener algunas cantidades de compatibilidad, pero probablemente encontrará que cuando ejecuta Java destinado a una versión más nueva de JRE, puede encontrarse con problemas de compatibilidad.
Algo más a considerar es si realmente necesita Java o no. ¿Hay tareas específicas que haga que realmente exijan explícitamente que JRE se ejecute? Si no, intente ir sin él.