Encontré esto en otro sitio
Minimiza todas las ventanas
Haga clic derecho en la sección vacía del escritorio y seleccione Nuevo => Acceso directo
Escriba esto en la ventana que se abre: taskkill.exe / IM skype.exe / T y presione Enter (o haga clic en 'Siguiente')
Escriba el nombre del acceso directo (mi nombre habitual es SkypeKill) y haga clic en 'Finalizar' (o presione Entrar)
Ancle (arrastre) el acceso directo a la barra de tareas para que Skype pueda cerrarse y cerrarse con un solo clic en este icono de la barra de tareas.
Eso es. Lo que esto hace es:
/ IM cierra correctamente un proceso con el "nombre de imagen" skype.exe
/ T cierra todos los procesos asociados skype.exe abierto
Si Skype no se cierra correctamente con esto (lo he visto en algunas computadoras), agrego '/ F' al final del comando taskkill para cerrarlo con fuerza: taskkill.exe / IM skype.exe / T / F