Lo más importante es el sistema de archivos. Desafortunadamente, no importa cuánto defragmente, hay archivos que no se organizarán correctamente. Como resultado, a medida que la computadora se usa cada vez más, estos archivos (como el registro, los archivos críticos del sistema) se hacen más grandes y más fragmentados, lo que conduce a un rendimiento reducido.
Las claves de registro inválidas también son un gran problema de rendimiento. Aunque ha mencionado que limpió el registro de forma regular, no tiene forma de saber que lo que está haciendo es deshacerse de todas las claves no válidas, a menos que desee buscar a través del registro a mano, está confiando en lo que el autor de la herramienta considera inválido.
(Dicho esto, los limpiadores de registro como CCleaner son increíbles, incluso si pueden perder cosas que podría eliminar)
Además, el sistema de archivos puede sufrir problemas de corrupción con el tiempo, por lo general, las personas hacen un formato de alguna descripción cuando se reinstalan, lo que reemplaza el sistema de archivos y, por lo general, cualquier corrupción que lo acompañe.
Desafortunadamente, Windows es como un archivador gigante. Puede hacer todo lo posible para mantenerlo limpio y organizado, pero eventualmente tendrá que extraer sus archivos y comenzar de nuevo.
Editar: Molly señaló algunas herramientas fantásticas en los comentarios que pueden ayudar a desfragmentar archivos de sistema grandes que normalmente no son desfragmentables (es decir, incluso una palabra) por una herramienta de desfragmentación normal. Estas herramientas, si se usan correctamente, podrían ayudar a prolongar ese reformateo.