Ciertamente dependerá de a qué aplicaciones * nix se refiera. La mayoría del software de código abierto puede existir fácilmente en un entorno Windows. En pocas palabras, es posible que no necesite ejecutar una pila completa de Linux para obtener el resultado que desea. Si menciona las aplicaciones que necesita ejecutar en el lado de Linux, la mayoría de las personas aquí podrán ayudarlo mejor.
Sin embargo, desde una vista puramente de SO múltiple, personalmente ejecutaría Windows dentro de Virtualbox mientras tenía Linux como SO residente. Sin embargo, esa es mi preferencia. Necesitaríamos saber cuál es su elección principal de sistema operativo antes de poder hacer una llamada sobre cuál es la mejor ruta.
Información agregada después de que OP respondió el uso previsto del entorno:
Puede ejecutar Emacs en Windows http://www.gnu.org/software/emacs/ . En cuanto a la grabación y la partición, dado que son procesos relativamente simples, le recomiendo encarecidamente que instale Linux en una unidad flash USB o un HDD externo pequeño y lo convierta en un entorno persistente.
Ver aquí: http://www.pendrivelinux.com/
Y aquí: https://wiki.ubuntu.com/LiveUsbPendrivePersistent
En esta ruta, mantiene su entorno de Windows (y el desarrollador de Ruby) teniendo acceso directo al hardware sin ninguna capa de abstracción involucrada. Cuando necesite utilizar las herramientas de código abierto que menciona, simplemente inicie Linux desde la unidad USB y haga lo que necesite. No es necesario virtualizar en mi opinión. Pero de nuevo, esa es mi opinión. Estoy seguro de que otros le darán un curso de acción adicional para que también lo considere.
Si necesita más ayuda con lo anterior, háganoslo saber.