En Windows XP, cuando hice clic en "Propiedades" en una carpeta, decía
Size: 788 MB (826,867,591 bytes)
Size on disk: 806 MB (845,590,528 bytes)
Contains: 8,772 Files, 0 Folders
Cuando entré en la carpeta, la esquina inferior izquierda decía
9,512 objects
y cuando seleccioné todos los elementos e hice "Propiedades", dijo
2,970 Files, 0 Folders
Size: 452 MB (474,082,998 bytes)
Size on disk: 457 MB (479,973,376 bytes)
No creo que ninguno de los archivos esté oculto; lo único en lo que puedo pensar es que la jerarquía de carpetas se ha vuelto bastante profunda en esa etapa.
Creo que los objetos 9512 son la figura correcta, basada en ejecutar lo siguiente en git bash:
$ find . | wc
9513 9513 785977