Tuve este problema y utilicé con éxito la idea de mover y / o eliminar elementos de forma incremental.
No pude mover una carpeta con dos subcarpetas y archivos. Era una carpeta antigua, por lo que no había forma de que algo imaginable pudiera haberlo estado usando. Utilicé el monitor de recursos (cuadro de "búsqueda", arriba de la sección derecha de la subventana de manejo y archivo bajo actividad de la CPU) para verificar que la ventana del proceso Explorer tenía algo asociado. El ÚNICO proceso asociado con ellos fue la ventana de visualización (Explorer) y parece que solo han estado allí porque estaban dentro de la lista de carpetas que se muestran. Ningún otro proceso estuvo activo.
De lo contrario, no hubo procesos activos con estos archivos o carpetas. Revisé los archivos de bloqueo u otras cosas extrañas como archivos ocultos o del sistema y no había ninguno. El símbolo del sistema no ayudó. Cada elemento tenía el mismo nombre, y tampoco podía mover la carpeta principal en DOS. NADA parece explicar por qué no pude eliminar la carpeta principal, por lo que obviamente mi conocimiento de las complejidades es deficiente.
Logré usar el Explorador de Windows para mover los archivos de cada carpeta a otra carpeta (incluso usé los mismos nombres de carpeta, pero no copié el nombre en caso de que hubiera un carácter invisible). Después de mover archivos, eliminé las carpetas. Luego los puse a todos en una estructura de archivos duplicados justo donde estaba el anterior, para ver si podía (podía). Finalmente, moví la carpeta (y el contenido) a su nuevo destino. ¡Estoy feliz! :-)