En términos de eficiencia de espacio, los tamaños de unidad de asignación más pequeños funcionan mejor. El espacio promedio desperdiciado por archivo será la mitad del AUS elegido. Entonces 4K desperdicia 2K por archivo y 64K desperdicia 32K. Sin embargo, como señala Jonathon, las unidades modernas son enormes y no vale la pena preocuparse por un poco de espacio desperdiciado y esto no debería ser un factor determinante (a menos que esté en un SSD pequeño).
Compare 4K frente a 64K de desperdicio de caja promedio (32K-2K = 30K), para 10,000 archivos que solo llegan a 300,000KB o alrededor de 300MB.
En cambio, piense en cómo el sistema operativo utiliza el espacio. Digamos que tiene un archivo 3K que necesita crecer 2K. Con un 4K AUS, los datos deben dividirse en dos bloques, y es posible que no estén juntos, por lo que obtendrá fragmentación. Con un AUS de 64K, hay muchos menos bloques para rastrear y menos fragmentación. 16 veces el tamaño del bloque significa 1/16 del número de bloques a seguir.
Para un disco de medios donde se almacenan sus fotos, música y videos (archivos típicamente 1 MB +) utilizo el AUS más grande. Para una partición de arranque de Windows, uso el valor predeterminado de Windows (que es 4K para cualquier unidad NTFS de menos de 16 TB).
Para saber cuál es el tamaño del clúster en un disco existente:
fsutil fsinfo ntfsinfo X: