Ext3 está empezando a envejecer en lo que respecta a las características y el rendimiento, pero hay una gran ventaja para la madurez: la estabilidad. Si tiene la intención de mantener el sistema durante mucho tiempo, o almacenar archivos importantes en él, iría con ext3. No estoy diciendo que ext4 sea inestable, solo estoy diciendo que ext3 es realmente increíblemente estable;)
Si solo es un usuario de escritorio normal, realmente no importa, porque el almacenamiento en caché tendrá MUCHO más impacto en el rendimiento que cualquier estructura interna. La única gran victoria para ext4 es cuando tiene la intención de almacenar muchos archivos grandes, luego desea formatear su partición con ext4 con extensiones. Otra gran victoria para ext4 es si se ve obligado a almacenar archivos grandes (> 32000) por directorio.