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Hay varias razones:
Por lo general, creo uno para root, uno para swap y uno para el hogar. La ventaja de esto es que le permite dejar sus documentos (también música, video, imágenes, etc.) intactos si necesita reinstalar el sistema operativo. Debido a que puede sobrescribir completamente la partición del sistema operativo (root) sin tocar la partición de inicio, sus archivos están seguros y no es necesario llevar a cabo el proceso lento de transferirlos a otro medio y luego volver a su nueva máquina. Hace que el formateo / imagen sea mucho más elegante
Aquí hay más información sobre los beneficios. Aunque está escrito sobre Windows, el principio es el mismo.
Solía exagerar la cosa de Particionamiento en mis viejos tiempos de Windows porque pensé que podría ser más claro. Una letra de unidad para un determinado tema (por ejemplo, música, imágenes, trabajo, etc.). Pero incluso allí, separar sus datos y el sistema ya tenía sentido: si el sistema falla, puede formatear la partición del sistema y volver a instalarlo sin perder todos sus datos.
Los sistemas tipo Unix y Ubuntu no tienen letras de unidad, las particiones simplemente se montan en cualquier carpeta vacía. Entonces, lo que realmente tiene sentido en mis ojos es:
En mi opinión, más de 4 particiones separadas no tienen sentido en Ubuntu (4 es el número máximo de particiones primarias que puede crear), es solo una cuestión de preferencia personal.
Una partición separada / de inicio me permite iniciar y reparar mi sistema de archivos raíz, incluso si el sistema de archivos raíz está dañado. Si pongo todos los archivos de arranque en el sistema de archivos raíz y se corrompe, es posible que no arranque en absoluto. También hay más flexibilidad. Más tarde, puedo poner un segundo disco, intercambiar eso y eliminar la partición de intercambio del disco raíz y expandir el sistema de archivos raíz en ese espacio.
Crear una partición de intercambio rígido en lugar de una en el sistema de archivos es solo un administrador de sistemas al estilo UNIX. No hay una razón real para no hacer que sea solo un archivo en el sistema de archivos, excepto que algún usuario vendrá solo con sudo powers e intentará ejecutarlo.
Como dijeron Babu y Mike, un / home separado me permite actualizar o cambiar distribuciones sin perder todos mis datos.
Mantener los directorios de inicio en una partición separada evita que los usuarios llenen accidentalmente la partición raíz. Esto es bueno porque si llena la partición raíz, terminará con problemas (los registros del sistema, por ejemplo, a menudo están en la partición raíz).
Si bien en realidad no es posible que los usuarios no root utilicen los últimos bits de espacio en un disco (el sistema no los permite), es posible que lo llenen la mayor parte del tiempo, y luego para los procesos automatizados del sistema para terminar el trabajo, lo que hace que sea molesto volver a poner todo en funcionamiento.
Mantener una partición de inicio separada le permite mantener sus archivos en caso de que reinstale su distribución de Linux.
GRUB no admite ext4, por lo que si va a utilizar ese sistema de archivos para el resto de sus archivos, necesitará una partición de arranque separada. GRUB ahora es compatible con ext4, por lo que ya no es necesario mantener una partición de arranque separada, aunque sigue siendo una opción.
Linux generalmente ve el disco de manera muy diferente a una máquina con Windows. También Windows Fat32 / NTFS e incluso los sistemas de archivos más nuevos son en su mayoría un formato estrictamente Windows. Entonces, en realidad no sabes qué hacen o cómo se comportan internamente. Linux usa sus propios sistemas de archivos ext3 / 4 siendo el más utilizado, el sistema de archivos Linux no existe en un árbol como estado ni trata los datos como un ciudadano de segunda clase que reside en su disco. La razón por la que puede crear particiones simples o múltiples para el sistema operativo es tanto para la organización como para el acceso a la velocidad del disco. Aunque esta última parte ha cambiado a lo largo de los años, la mayoría de los usuarios de Linux no se molestan con múltiples particiones porque necesita dividir los datos del sistema operativo para que se ajusten uniformemente a las particiones que crea manualmente. Personalmente, me parece contrario a la intuición tener múltiples particiones. Por otro lado, las máquinas Linux generalmente no sufren sectores defectuosos en el disco o tienen una función automática para desfragmentar. Este es solo un mal diseño de Microsoft, no puede solucionar sus problemas internos, por lo que crean herramientas que le permiten solucionar su propio problema el 60% del tiempo de todos modos.