Tuve este problema exacto ... debido a FakeAlert Trojan. Todos los archivos en c: se ocultaron, se eliminó la imagen del escritorio, se eliminaron los íconos del escritorio, se eliminaron los elementos del menú de inicio ... junto con todas las alertas de basura sobre problemas del disco duro.
Eliminé FakeAlert con MalwareBytes y SuperAntiSpyware, pero al menos en mi caso el sistema todavía estaba medio reparado, pero al menos se eliminó el troyano.
Después de algunas investigaciones, tuve que ejecutar el comando "attrib *. * -H / s / d" desde c: \ para volver a ver todos los archivos. Ejecuté esto desde una ventana "cmd" (es decir, una línea de comando de DOS). Pero en ese momento el escritorio aún estaba en blanco y no tenía un menú contextual del botón derecho en el escritorio. Además, como el menú de INICIO estaba en blanco, tuve que presionar el "cmd" desde el Administrador de tareas, con "Archivo - Nueva tarea (Ejecutar ..)"
La herramienta Nirsoft mencionada anteriormente estaba limpia, pero no ayudó con esto.
Finalmente encontré un pequeño script (solo para XP) en http://www.kellys-korner-xp.com/xp_tweaks.htm ... que volvió a habilitar los iconos del escritorio y el menú contextual del botón derecho en el escritorio. El script se llama "Habilitar / Inhabilitar íconos de escritorio", y funcionó como un encanto. Cuando se ejecuta, el script activa / desactiva los iconos (según el estado actual). Si comprueba que se desactivaron cuando lo ejecutó por primera vez, simplemente ejecútelo nuevamente y se activarán.
Una vez que volví a tener el control del escritorio, volví a habilitar el fondo de mi escritorio ... pero esto está en "Panel de control - Pantalla - Propiedades" de todos modos.
¡¡Buena suerte!!