Es probable que esto no sea correcto, pero algo de esta manera debería funcionar.
REGEDIT4
[HKEY_CLASSES_ROOT\HxD]
[HKEY_CLASSES_ROOT\HxD\shell]
[HKEY_CLASSES_ROOT\HxD\shell\open]
[HKEY_CLASSES_ROOT\foo\shell\open\command]
@="\"C:\\Program Files\\Application\\HxD.exe\" \"%1\""
Al hacer (algo así), esto debería agregar un menú contextual (¿pero es posible que no esté allí en lo que he publicado?) Que debería mostrarse para cada tipo de archivo, permitiéndole abrir el archivo con HxD.
Vim hace esto proporcionando un menú contextual "Editar con Vim" para todos los tipos de archivos.
(Hay otras claves de registro donde también se puede lograr el mismo tipo de cosas).
Alguien más conocedor debería poder encontrar la solución de trabajo real.