No he usado GDS, así que solo estoy arrojando algunas ideas al azar aquí.
¿Qué indica el índice GDS? ¿Documentos? ¿Página web estática (archivos .html) en su disco?
Esas preguntas son importantes ... Si puede exponer los datos de OneNote como uno de los formatos que indexa GDS, entonces probablemente podrá hacer que GDS lo indexe. Por ejemplo, podría tener un trabajo cron que verifique su base de datos One Note cada X minutos y que ejecute algo (como un script de PowerShell) que escriba / exporte los datos de One Note como archivos HTML a una carpeta en su disco duro que GDS podría luego indexar.
Esta idea de solución apesta en muchos niveles (duplicación de datos, trabajos cron, datos solo actualizados cada X minutos, etc.) pero podría funcionar.
Buena suerte.