La protección con contraseña de la carpeta realmente no hará mucho si solo pueden iniciar sesión como administrador y reclamar la propiedad del directorio ellos mismos.
Sugeriría instalar TrueCrypt y usarlo para crear un volumen cifrado basado en archivos. Luego ponga su directorio DropBox dentro de eso, y solo las personas que conocen la contraseña de descifrado pueden acceder a ella.
Tenga en cuenta que podrían instalar fácilmente un keylogger en su PC para conocer su contraseña de descifrado sin su conocimiento.
Además, el descargo de responsabilidad requerido: consulte con su departamento de TI y no haga nada contrario a la política de TI establecida. A menudo, las organizaciones desaprueban el uso personal de la propiedad del trabajo (su PC) y los recursos (el ancho de banda utilizado para descargar / cargar en DropBox), así que asegúrese de no violar ninguna regla que pueda ocasionarle problemas.