Cuando cambia la fuente de esta manera, puede recibir un mensaje de que la ventana activa no se actualizará. Resolución: ábralo de nuevo. (¿Por qué menciono esto es que si simplemente pulse OK en el mensaje que no lo recibirá de nuevo y un día después se le ha olvidado y Google, y encontrar este comentario...)
Cada vez que configuro WinMerge necesito buscar esta configuración. Me pregunto por qué la configuración de la fuente no forma parte de las opciones de WinMerge que se encuentran en "Editar" -> "Opciones".