Respuestas:
Ese comportamiento del Editor de ecuaciones es por diseño, y no hay forma de eliminar B sin eliminar los paréntesis. El programa evalúa los paréntesis como un objeto completo:(◻)
Lo que puede hacer es (especialmente cuando el contenido entre paréntesis es más largo) hacer doble clic en el contenido para seleccionarlo y usar CTRL+ Xpara cortarlo para pegarlo más tarde.