Las cookies de terceros se utilizan para varias cosas, la mayoría de las cuales están relacionadas con la publicidad. La gente parece retroceder cuando escuchan la palabra "publicidad", que creo que es una reacción extraña.
La mayoría de los sitios gratuitos son posibles gracias a la publicidad; las cookies de seguimiento ayudan a mantener estos anuncios relevantes (o más bien, tratar de hacerlos relevantes), lo que significa que el editor / sitio puede cobrar más por ellos y, por lo tanto, reducir la presión publicitaria sobre el usuario (es una lucha constante para mantener los ingresos publicitarios altos mientras al mismo tiempo no perder usuarios debido a los anuncios).
También se usan para cosas como la limitación de frecuencia: si un sitio parece particularmente molesto, con anuncios pre-roll antes de cada video o ventanas emergentes en la página en cada página, puede ser porque tiene deshabilitadas las cookies de terceros. Si es así, no hay forma de que el servidor de anuncios sepa si ya ha sido sometido a ese anuncio (normalmente se muestra un anuncio intrusivo una vez por usuario y día, aunque esto varía mucho según el sitio y el país).
En resumen, sí, se puede abusar de ellos (como la mayoría de las herramientas). Pero la mayoría de los usos son legítimos y no dañarán al usuario de ninguna manera.