Puede identificar qué controladores de host están conectados a los dispositivos cambiando el Administrador de dispositivos a "Ver dispositivos por conexión" en su menú Ver.
"Dime si mi dispositivo puede funcionar más rápido" solo debería afectar a los dispositivos con capacidad USB de alta velocidad, pero conectados a un puerto (tal vez a través de un concentrador USB 1.x) que es solo USB a velocidad máxima. Tenga en cuenta que USB 2.0 requiere que un concentrador compatible sea capaz de alta velocidad.
Si está viendo esas advertencias regularmente, entonces tiene dispositivos de alta velocidad que están conectados de una manera que limita su ancho de banda. Habilitar o deshabilitar los dispositivos host USB no tendrá ningún efecto sobre ese problema, excepto que deshabilitar un host que esté conectado a dicho dispositivo detendrá la advertencia y evitará que se use el dispositivo.
Como han dicho otros, es bastante común usar USB como la interconexión a bordo, incluso para el teclado y el panel táctil que se habrían conectado a través de un puerto interno PS2 o algo similar. También verá ocasionalmente los dispositivos de audio en el USB interno.