Tuve los mismos problemas con la pantalla bloqueada y muchos más al usar emacs debajo de la pantalla. Por ejemplo, Ca en emacs, que lo lleva al comienzo de la línea, es interceptado por la pantalla y no funciona.
SOLUCIÓN:
Cree un archivo .screenrc en su directorio de inicio con lo siguiente:
#Change escape character to C-u
escape "^uu"
#unbind ctrl+s from xoff in order to be able to search in emacs
bind s
bind ^S
#unbind ctrl+x from lockscreen in order to be able to save in emacs
bind x
bind ^X
Luego, cada vez que abra una nueva pantalla en lugar de usar Ca, debe usar Cu para ingresar un nuevo comando de pantalla. Los otros dos cambios se encargan de un par de cosas más que necesitaba cambiar para poder usar emacs bajo la pantalla sin problemas.