La entrada del directorio es solo un puntero a un inodo. El inodo contiene la metainformación sobre el archivo (que no sea el nombre) y apunta a los datos del archivo (si los hay). Cuando comienzas a copiar un archivo, obtienes un identificador para el inodo.
El sistema operativo mantiene un recuento de referencias al inodo. Mientras haya referencias al inodo, se conservan el inodo y los datos del archivo. Una vez que se eliminan todas las referencias al inodo, se elimina el inodo y se libera el espacio requerido por el archivo.
Como tiene el archivo abierto para copiar, se mantendrá hasta que su proceso cierre el archivo. Esto debería ocurrir cuando finalice la transferencia del archivo, y sucederá si falla el proceso de copia. Si la transferencia de archivos falla a mitad de camino y ha eliminado todos los enlaces duros al archivo, no podrá reiniciar con éxito la transferencia.
EDITAR: como otros han señalado, los movimientos de archivos en el mismo dispositivo se realizan sin mover los datos. En su lugar, se crea una nueva entrada de directorio en el directorio de destino y se elimina la entrada de directorio original.
Es posible tener múltiples entradas de directorio para el mismo archivo. Estos se llaman enlaces duros. Se crean al hacer una nueva entrada de directorio para el archivo sin eliminar la entrada original. El inodo del sistema de archivos tiene un recuento de referencia para registrar el número de entradas de directorio que apuntan al archivo.
EDIT2: si el proceso se bloquea o se cierra, el archivo se eliminará limpiamente ya que el recuento de acceso en memoria se reducirá a cero. Esta es la acción que ocurre cuando el programa finaliza normalmente.
En el caso de una falla de energía u otro apagado desordenado del sistema, el disco necesitará una fsck
(verificación del sistema de archivos) antes de que pueda montarse completamente. Dependiendo del estado del inodo en el disco y las estructuras de directorio, el espacio se recuperará, el archivo permanecerá en el directorio o se realizará una nueva entrada en el lost+found
directorio. Los resultados dependerán de qué cambios se hayan vaciado al disco o se hayan escrito en el diario de sistemas de archivos.