Msiexec es la herramienta que necesitas. Tiene un parámetro -q para permitirle instalar cosas "silenciosas":
/ qn: no muestra ninguna interfaz de usuario.
/ qb: muestra una interfaz de usuario básica.
/ qr: muestra una interfaz de usuario reducida con un cuadro de diálogo modal que se muestra al final de la instalación.
/ qf: muestra la interfaz de usuario completa con un cuadro de diálogo modal que se muestra al final.
/ qn +: no muestra ninguna interfaz de usuario, excepto un cuadro de diálogo modal que se muestra al final.
/ qb +: muestra una interfaz de usuario básica con un cuadro de diálogo modal que se muestra al final.
/ qb-: muestra una interfaz de usuario básica sin cuadros de diálogo modales.
También puede proporcionar opciones con nombre (o "propiedades") al final de la línea de comando; qué propiedades son compatibles depende del paquete. Por ejemplo, este comando:
msiexec /qb /l* perl-log.txt /i ActivePerl.msi PERL_PATH=Yes PERL_EXT=Yes
... es cómo instalar ActiveState Perl, indicando al paquete MSI que agregue Perl.exe a su RUTA y que asocie archivos .pl con él. ( fuente )