Sí.
La forma más sencilla es montar la partición de Windows desde Ubuntu y apuntar el torrent a la carpeta que contiene la descarga parcial. Tratar de ir al revés requiere controladores ext2ifs y no siempre funciona bien. Ubuntu viene con un controlador NTFS incorporado, por lo que facilita las cosas :)
Después de agregar el torrent al cliente de Linux, el archivo se verificará (puede llevar algo de tiempo dependiendo del tamaño) y una vez que se verifique la cantidad descargada, continuará. Recomendaría usar el mismo cliente en todos los sistemas operativos para simplificar un poco las cosas. Diluvio es una buena opción y tiene capacidades de cifrado integradas.