No puede: la ejecución de un archivo por lotes con el símbolo del sistema incorporado mantendrá una ventana abierta hasta que el archivo por lotes salga.
Lo que puede hacer es tomar medidas para asegurarse de que el archivo por lotes salga lo más rápido posible. Si es posible, modifique el archivo por lotes para ejecutar cualquier programa con el startcomando. Por defecto, startregresa inmediatamente sin esperar a que el programa salga, por lo que el archivo por lotes continuará ejecutándose y, presumiblemente, saldrá inmediatamente. Combine eso con la modificación de su acceso directo para ejecutar el archivo por lotes minimizado, y solo verá el flash de la barra de tareas sin siquiera ver una ventana en pantalla.
Una advertencia a esto es que si está ejecutando un programa en modo consola, que son muchos de los intérpretes de script, el archivo por lotes esperará a que el programa salga, y el uso startgenerará una nueva ventana de consola. Lo que debe hacer en este caso es ejecutar la versión del intérprete basada en Windows en lugar de la versión de la consola, no es startnecesario. Para Perl, correría en wperl.exelugar de perl.exe. Para Python, es en pythonw.exelugar de python.exe. La distribución anterior de Win32 Ruby que he descargado tiene rubyw.exe, que debería hacer lo mismo.
Una última posibilidad es utilizar una herramienta de terceros para ejecutar el símbolo del sistema con una ventana oculta. He oído hablar de tales cosas, pero nunca tuve un uso para ellas, así que no sé nada en particular para señalarlo.