No me preocuparía demasiado el formato. Si todo lo demás falla, mplayer
y VLC estará disponible en 15 años (siendo un proyecto de código abierto muy frecuente)
Obviamente no use un formato oscuro, específico de la aplicación. H.264, Theora, MPEG-4, XviD, etc. deberían estar bien. Siempre puede volver a codificar los datos en caso de que aparezca un códec más adecuado en la próxima década o dos.
Lo que debe preocuparse es el almacenamiento de datos, si su almacenamiento muere o los archivos se corrompen, el códec es irrelevante. Cada pocos años, realmente debería transferir los archivos a un nuevo almacenamiento (que será más fácil a medida que las unidades se hagan más grandes / más baratas), cuando lo haga, verifique que los archivos aún se puedan reproducir con los códecs / software actuales.
Si eres realmente paranoico, podrías almacenar una copia del software de transcodificación (por ejemplo, mplayer / mencoder) y un disco del sistema operativo (¿una distribución de Linux?); Entonces, si de alguna manera h.264 se vuelve imposible de jugar, creas un virtual máquina, instalar o compilar la aplicación de transcodificación y convertir los archivos a algo reproducible. Todavía puede emular Windows 3.1 en VMWare, por lo que debería poder emular las distribuciones de Linux actuales en unas pocas décadas (suponiendo que no haya apocalipsis nucleares)