No me preocuparía demasiado el formato. Si todo lo demás falla, mplayery VLC estará disponible en 15 años (siendo un proyecto de código abierto muy frecuente)
Obviamente no use un formato oscuro, específico de la aplicación. H.264, Theora, MPEG-4, XviD, etc. deberían estar bien. Siempre puede volver a codificar los datos en caso de que aparezca un códec más adecuado en la próxima década o dos.
Lo que debe preocuparse es el almacenamiento de datos, si su almacenamiento muere o los archivos se corrompen, el códec es irrelevante. Cada pocos años, realmente debería transferir los archivos a un nuevo almacenamiento (que será más fácil a medida que las unidades se hagan más grandes / más baratas), cuando lo haga, verifique que los archivos aún se puedan reproducir con los códecs / software actuales.
Si eres realmente paranoico, podrías almacenar una copia del software de transcodificación (por ejemplo, mplayer / mencoder) y un disco del sistema operativo (¿una distribución de Linux?); Entonces, si de alguna manera h.264 se vuelve imposible de jugar, creas un virtual máquina, instalar o compilar la aplicación de transcodificación y convertir los archivos a algo reproducible. Todavía puede emular Windows 3.1 en VMWare, por lo que debería poder emular las distribuciones de Linux actuales en unas pocas décadas (suponiendo que no haya apocalipsis nucleares)